В начале августа 1798 года, находясь вблизи Севастопольского рейда с вверенной ему эскадрой, Феодор Ушаков получил Высочайшее повеление «тотчас следовать и содействовать с турецким флотом противу зловредных намерений Франции, яко буйнаго народа, истребившего не токмо в пределах своих веру и Богом установленное правительство и законы… но и у соседственных народов, которые по несчастию были им побеждены или. обмануты вероломническими их внушениями…»
Взяв курс на Константинополь, российская эскадра скоро приблизилась к Босфору, и этого оказалось достаточным, чтобы Порта немедленно объявила войну республиканской Франции. Турция встречала русские суда на удивление дружелюбно. Поразила турок опрятность, строгий порядок на русских судах. Один из влиятельных вельмож на встрече у визиря заметил, что «двенадцать кораблей российских менее шуму делают, нежели одна турецкая лодка; а матросы столь кротки, что не причиняют жителям никаких по улицам обид». И облик, и весь дух русских моряков были удивительны туркам.
Российская эскадра пробыла в Константинополе две недели; 8 сентября, «дав туркам опыт неслыханного порядка и дисциплины», она снялась с якоря и при благополучном ветре направила свой путь к Дарданеллам, к месту соединения с турецким флотом. Командующим объединенными силами назначен был вице-адмирал Ушаков. Турки, на собственном опыте зная его искусство и храбрость, полностью доверили ему свой флот, а командующий турецкой эскадрой Кадыр-бей именем султана обязан был почитать российского вице-адмирала «яко учителя».
Так началась знаменитая Средиземноморская кампания вице-адмирала Феодора Ушакова, в которой он показал себя не только как великий флотоводец, но и как мудрый государственный деятель, милосердный христианин и благодетель освобожденных им народов. Первой задачей эскадры было взятие Ионических островов, расположенных вдоль юго-западного побережья Греции, главный из которых — Корфу, имея и без того мощнейшие в Европе бастионы, был еще значительно укреплен французами и считался неприступным. Коренные жители занятых французами островов были православными греками, а на Корфу находилась (пребывающая и доныне) великая христианская святыня — мощи святителя Спиридона Тримифунтского. Феодор Ушаков поступил премудро: он, прежде всего, обратился с письменным воззванием к жителям островов, призывая их содействовать в «низвержении несносного ига» безбожников-французов.
Ответом была повсеместная вооруженная помощь населения, воодушевленного прибытием русской эскадры. Как ни сопротивлялись французы, наш десант решительными действиями освободил остров Цериго, затем Занте… Когда французский гарнизон на острове Занте сдался, то «на другой день главнокомандующий вице-адмирал Ушаков, вместе с капитанами и офицерами эскадры, съехал на берег для слушания благодарственного молебна в церкви св. чудотворца Дионисия».
Местное население открывало двери русским — и захлопывало их перед турками. Феодору Феодоровичу приходилось непросто, и он проявил много рассудительности, терпения, политического такта, чтобы соблюсти союзные договоренности и удержать турок от присущих им безобразий — главным образом, от необузданного варварства и жестокости. Особенно не нравилось туркам милостивое обращение русских с пленными французами. Когда Феодор Ушаков принял первых пленных на острове Цериго, турецкий адмирал Кадыр-бей просил его о позволении употребить против них военную хитрость. «Какую?» — спросил Ушаков. Кадыр-бей отвечал: «По обещанию Вашему, французы надеются отправиться в Отечество и лежат теперь спокойно в нашем лагере. Позвольте мне подойти к ним ночью тихо и всех вырезать».
Сострадательное сердце Феодора Ушакова, конечно же, отвергло сию ужасающую жестокость, — чему турецкий адмирал крайне дивился…
10 ноября 1798 года Феодор Ушаков в донесении питал: «Благодарение Всевышнему Богу, мы с соединенными эскадрами, кроме Корфу, все прочие острова от рук зловредных французов освободили».
19 февраля 1799 года, пала и крепость Корфу. Это был день великого торжества адмирала Феодора Ушакова, торжества его военного таланта и твердой воли, поддержанных храбростью и искусством его подчиненных, их доверием к своему победоносному предводителю и его уверенностью в их непоколебимое мужество. Это был день торжества русского православного духа и преданности своему Отечеству. Взятый в плен «генерал Пиврон был объят таким ужасом, что за обедом у адмирала не мог удержать ложки от дрожания рук, и признавался, что во всю свою жизнь не видал ужаснейшего дела».
Узнав о победе при Корфу, великий русский полководец Суворов воскликнул:«Ура! Русскому флоту! Я теперь говорю сам себе: зачем не был я при Корфу хотя мичманом?»
27 марта, в первый день Святой Пасхи, адмирал назначил большое торжество, пригласивши духовенство сделать вынос мощей Угодника Божиего Спиридона Тримифунтского. Народ собрался со всех деревень и с ближних островов. При выносе из церкви святых мощей расставлены были по обеим сторонам пути, по которому пошла процессия, русские войска; гробницу поддерживали сам адмирал, его офицеры и первые чиновные архонты острова; снятые мощи обнесены были вокруг крепостных строений, и к это время отовсюду производилась ружейная и пушечная пальба… Всю ночь народ ликовал.
В наши дни в Греции, особенно на островах, очень почитают праведного Феодора Ушакова, во многих храмах есть его иконы. На Корфу, недалеко от Старого Форта ему установлен памятник.
А в октябре 2013 года ему был установлен с большой торжественностью памятник возле храма святого Дионисия на о.Закинтос.
Император Павел I за победу при Корфу произвел Феодора Ушакова в адмиралы. Это была последняя награда, полученная им от своих государей.